叫び声が聞こえて駆けつけると、ちびラドンが倒れていた！
ちびラドンの横には、ナイフと足跡、そしてダイイングメッセージのような言葉が書かれている。
「ちび怪獣探偵団」を結成したちびゴジラたちは犯人を見つけることができるのか！？